Národní značení
Grafický znak BIO, tzv. biozebra, s nápisem „Produkt ekologického zemědělství“ se v ČR používá jako celostátní ochranná známka pro biopotraviny. Logo je možné použít pouze v souladu s ustanovením zákona č. 242/2000 Sb., o ekologickém zemědělství, ve znění pozdějších předpisů, a vyhlášky č. 16/2006 Sb., ze dne 6. ledna 2006, kterou se provádějí některá ustanovení zákona o ekologickém zemědělství.
Kromě grafického znaku BIO, musí být na biopotravině umístěn také číselný kód kontrolní organizace (CZ-BIO-xxx).
Evropské značení
Grafický znak loga společenství označující ekologickou produkci je definován v nařízení Rady (ES) č. 834/2008 o ekologické produkci a označování ekologických produktů a o zrušení nařízení (EHS) č.2092/91. Grafickou podobu loga, podmínky pro jeho užívání, tvar číselného a kódu kontrolního subjektu stanovuje nařízení Komise (EU) č. 271/2010, kterým se mění nařízení (ES) č. 889/2008, kterým se stanoví prováděcí pravidla k nařízení Rady (ES) č. 834/2007, pokud jde o logo Evropské unie pro ekologickou produkci. Jeho užívání je od 1. července 2010 povinné. Vedle povinného užívání loga EU pro ekologickou produkci na balených biopotravinách platí také povinnost označovat na obalu rovněž místo, kde byly vyprodukovány zemědělské suroviny. Pro biopotraviny dovezené do EU ze třetích zemí je evropské logo dobrovolné.
Pokud je použito, musí být evropské logo vždy na obalu doprovázeno číselným kódem kontrolní organizace a informací o místě původu surovin. Tyto informace musí být umístěny v jednom zorném poli s tímto logem.