Od 1. ledna 2009 byl v ČR zaveden systém Kontrol podmíněnosti (Cross Compliance). Tento systém na jedné straně umožňuje čerpání evropských finančních podpor, na straně druhé toto čerpání "podmiňuje" dodržováním požadavků a standardů. Všechny tyto požadavky a standardy vychází z platných evropských a národních předpisů a jejich plnění bylo již před zavedením systému Kontrol podmíněnosti (CC) kontrolováno v rámci národních kontrol.
Hlavní změnou v systému Kontrol podmíněnosti (CC) pro rok 2010 je rozšíření podmínek Dobrého zemědělského a environmentálního stavu (známých pod zkratkou GAEC). S plněním těchto podmínek se setkáváte již od vstupu České republiky do EU. S ohledem na stále stoupající význam ochrany životního prostředí, zdraví lidí i zdraví zvířat ve společné zemědělské politice a s tím související změny evropské legislativy, připravilo ministerstvo jejich rozšíření. Od 1. ledna 2010 jsou zemědělci povinni plnit 10 standardů GAEC, které jsou komplexnější a lépe odpovídají zemědělské praxi.
Od 1.1.2011 dochází k rozšíření povinných požadavků na hospodaření v oblasti Veřejné zdraví, zdraví zvířat a rostlin o požadavky na uvádění přípravků na ochranu rostlin na trh, zákazu používání některých látek s hormonálním a tyreostatickým účinkem a beta-sympatomimetik v chovech zvířat, o zásady a požadavky potravinového práva, pravidla pro prevenci, tlumení a eradikaci některých přenosných spongiformních encefalopatií a požadavky ohlašování nákaz. K rozšíření došlo také u standardu GAEC 2 v oblasti Dobrý zemědělský a environmentální stav o podmínky vztahující se na mírně erozně ohrožené půdy. Důležitým rozdílem od předešlých let, který se promítl v novele nařízení vlády č. 479/2009 Sb. a který navazuje na rozšíření požadavků je rozdíl ve způsobu vyhodnocování.
V oblasti Dobrého zemědělského a environmentálního stavu je od 1.1.2012 nově uplatňována podmínka GAEC 11 s tématem Ochrany vody a hospodaření s ní. Vyžadováno bude plnění rozšířené podmínky na mírně erozně ohrožené půdy GAEC 2 z okruhu Eroze půdy. Povinné požadavky na hospodaření (SMR) zůstávají pro tento rok v nezměněné podobě.
Od 1. 1. 2013 došlo k závěrečnému rozšíření povinných požadavků na hospodaření z oblasti Dobré životní podmínky zvířat. Prostřednictvím novely nařízení vlády č. 479/2009 Sb., o stanovení důsledků porušení podmíněnosti poskytování některých podpor, účinné také od uvedeného data, dochází k rozšíření znění standardu GAEC 2, jímž jsou upravovány podmínky pěstování plodin na erozně ohrožených půdách.
