Základním právním předpisem Evropského parlamentu a Rady ustavujícím rámec pro činnost Společenství v oblasti vodní politiky členských států je směrnice 2000/60/ES (Vodní rámcová směrnice). Ochranu vod, jejich využívání a práva k nim upravuje zákon č. 254/2001 Sb., o vodách a o změně některých zákonů (vodní zákon). Některá jeho paragrafová ustanovení jsou upřesněna či rozvedena pomocí nařízení či vyhlášek. Ochranou vody se dále zabývá směrnice Evropského parlamentu a Rady 2009/128/ES (tzv. rámcová směrnice pro činnost Společenství za účelem dosažení udržitelného používání pesticidů), která je v souladu s citovanou směrnicí 2000/60 ES a nařízením (ES) 1107/2009 o uvádění přípravků na ochranu rostlin na trh. V článku 11 ukládá tato směrnice zajištění vhodného opatření na ochranu vodního prostředí a zdrojů pitné vody před vlivem pesticidů a připravuje se její transpozice do české legislativy (novela zákona č. 326/2004 Sb. o ochraně rostlin a dalších, zejména do zákona o vodách). Ministerstvo zemědělství jako garant připravuje spolu s Ministerstvem zdravotnictví a ministerstvem životního prostředí Národní akční plán (NAP), který bude pojednávat i o krocích vedoucích k naplnění uvedených předpisů.
Ministerstvo životního prostředí společně s Ministerstvem zemědělství každoročně předkládá vládě Zprávu o stavu vodního hospodářství v České republice, která popisuje a hodnotí stav jakosti a množství povrchových a podzemních vod i související legislativní, ekonomické, výzkumné a integrační aktivity.
