Cílem třetí etapy je realizace technických protipovodňových opatření v letech 2014 - 2022 a to především efektivních preventivních protipovodňových opatření v záplavových územích. V programu jsou upřednostňována opatření směřující ke zvýšení retence, tedy realizace řízených rozlivů povodní, budování poldrů a vodních nádrží s retenčními prostory. Zejména jsou podporována chybějící opatření v oblastech s potenciálně významným povodňovým rizikem vymezených podle tzv. povodňové směrnice 2007/60/ES. Pokud jsou v rámci programu 129 260 navrhována opatření snižující objem záplavového území, musí být současně navržena opatření zaměřená na zřizování retenčních prostorů, jimiž je snížení objemu inundací kompenzováno. Příjem žádostí o poskytnutí dotace v programu 129 260 byl v roce 2019 ukončen. Do roku 2022 budou postupně dokončovány časově náročné protipovodňové stavby.
Program 129 260 je rozdělen na čtyři podprogramy:
- 129 262 „Podpora projektové dokumentace pro územní řízení“,
- 129 263 „Podpora projektové dokumentace pro stavební řízení“,
- 129 264 „Podpora protipovodňových opatření s retencí",
- 129 265 „Podpora protipovodňových opatření podél vodních toků“.
(
