Jsou zřizovány dočasně i trvale, a to dle identifikovaných potřeb. Sekretariát Sítě metodicky řídí jejich fungování a podílí se na definici jejich účelu a cíle. Tyto pracovní skupiny řeší zejména aktuální otázky rozvoje venkova a zemědělství.
Tematické PS zahrnují partnerské organizace a subjekty, jejichž činnost souvisí s danou problematikou a také organizace a subjekty, které se chtějí podílet na řešení problematiky.
