Parametry bonitačního průzkumu byly dány potřebami rozvíjejícího se zemědělství, jeho velkovýrobním charakterem a současně také na čelní místo kladeným termínem provedení, vyhodnocení a dokončení zadaného úkolu. Po roce 1989, kdy došlo k zásadním změnám v majetkoprávních vztazích k zemědělskému majetku a obnově vlastnických práv k půdě, se ukázalo, že použitá přesnost vymezení BPEJ je nedostatečná. Současně bylo potřeba v některých případech zmapovat a doplnit jevy vzniklé v souvislosti s degradací půd přírodního i antropického původu. Od roku 1998 je aktualizace vymezení a mapování BPEJ pojata jako trvalá činnost řízená Ústředním pozemkovým úřadem MZe ČR.
Bonitace poskytuje komplexní systém hodnocení půdy. Její využití je široké zejména ve státní správě.
Používá se zejména:
a) - pro určování půdní úrodnosti zemědělské půdy - přírodních podmínek zemědělských půd,
b) - při určení úřední ceny zemědělské půdy,
c) - pro kategorizaci zemědělského území,
d) - při ochraně zemědělského půdního fondu
