Odbor auditu a supervize
Ing. Zdeněk Jaroš
Odbor bezpečnostní politiky a krizového řízení
Ing. Petr Kutálek
Odbor kanceláře ministra
Mgr. Karel Baumann (pověřen řízením odboru)
Odbor průřezových činností a zemědělských informací
Ing. Josef Čech
Odbor personální
Mgr. Lucie Kubáčová
Odbor vnitřní správy
Mgr. Pavel Brokeš
Odbor právní
JUDr. Radek Pokorný
Odbor legislativní
JUDr. Jinřich Urfus
Odbor informačních a komunikačních technologií
Ing. Vladimír Velas (pověřen řízením odboru)
Odbor ekonomiky a rozpočtu
Ing. Miluše Houdková Šímová
Odbor účetnictví a statistiky
Ing. Milan Schovánek
Odbor environmentální a ekologického zemědělství
Ing. Vlastimil Zedek
Odbor rostlinných komodit
Ing. Zdeněk Trnka
Odbor precizního zemědělství, výzkumu a vzdělávání
Mgr. Jan Radoš
Odbor živočičných komodit a ochrany zvířat
Ing. Pavel Hakl
Odbor Řídící orgán PRV
Ing. Josef Tabery
Odbor Řídicí orgán OP Rybářství
Ing. Pavel Pojer
Odbor environmentálních podpor PRV
Ing. David Kuna
Odbor přímých plateb
Ing. Kateřina Bělinová
Odbor státní správy ve vodním hospodářství a správy povodí
Ing. Daniel Pokorný
