Odbor auditu a supervize
Ing. Zdeněk Jaroš
Odbor bezpečnostní politiky a krizového řízení
Ing. Petr Kutálek
Odbor kanceláře ministra
Mgr. Karel Baumann (pověřen řízením odboru)
Odbor průřezových činností a zemědělských informací
Ing. Josef Čech
Odbor personální
Ing. Monika Koblihová (zastupující ředitelka)
Odbor vnitřní správy
Mgr. Pavel Brokeš
Odbor právní
JUDr. Radek Pokorný
Odbor legislativní
JUDr. Jinřich Urfus
Odbor informačních a komunikačních technologií
Ing. Jan Waraus
Odbor ekonomiky a rozpočtu
Ing. Miluše Houdková Šímová
