Fytosanitární opatření k naléhavému řešení neočekávaných fytosanitárních situací, které přinášejí riziko šíření určitých škodlivých organismů, nebo ke stanovení alternativních fytosanitárních požadavků k požadavkům, uvedeným ve fytosanitárních předpisech EU a ČR, nařizuje ÚKZÚZ podle § 76 odst. 2 věty druhé a § 76 odst. 2 písm. a) zákona č. 326/2004 Sb. o rostlinolékařské péči a o změně některých souvisejících zákonů, ve znění pozdějších předpisů, a to právním předpisem o mimořádných rostlinolékařských opatřeních, který se označuje názvem „Nařízení ÚKZÚZ“. Nařízení ÚKZÚZ se vyhlašuje vyvěšením na úředních deskách ministerstva zemědělství a ÚKZÚZ na dobu nejméně 15 dnů a zveřejňuje se neprodleně způsobem umožňujícím dálkový přístup, popřípadě se vyhlašuje v regionálním nebo celostátním tisku a rozhlasovém nebo televizním vysílání. Nařízení ÚKZÚZ nabývá platnosti a účinnosti dnem jeho vyhlášení; za den jeho vyhlášení se považuje den jeho vyvěšení na úřední desce Ministerstva zemědělství ČR.
Při nařizování těchto opatření vychází ÚKZÚZ z opatření, která pro EU nařizuje Evropská komise, obvykle formou „Rozhodnutí Komise", resp. „Prováděcího rozhodnutí Komise“. Opatření mají časově omezenou platnost (na rok nebo několik let, zpravidla do doby, než jsou v EU stanovena definitivní opatření, která jsou začleněna do základní fytosanitární legislativy EU, nebo dokud se neusoudí, že tato opatření nejsou nadále potřebná).
Platná jsou i fytosanitární opatření, vyhlášená dříve formou „Nařízení Státní rostlinolékařské správy“, resp. formou „Rozhodnutí Státní rostlinolékařské správy.“