Podle směrnice o stanovištích jsou to evropsky významné lokality (EVL). Často se jedná o území, kde se díky tradičnímu a citlivému hospodaření dochovala cenná stanoviště nebo vzácný rostlinný či živočišný druh. Předmětem ochrany může být jeden nebo více typů stanovišť (např. podmáčené louky, stepní lokality) nebo evropsky významné druhy rostlin či živočichů (jako např. hořeček český, orchidej střevíčník pantoflíček, sysel obecný nebo modrásek očkovaný).
Mezi nejzávažnější škodlivé zásahy patří změna vodního režimu (vysušování pozemků) na lokalitách, kde je předmětem ochrany nivní společenstvo nebo druhy na ně vázané, a rozorávání při změně travních porostů na ornou půdu nebo při obnově travních porostů, jsou-li předmětem ochrany luční společenstva nebo druhy rostlin a živočichů vázané na tato společenstva.
Evropsky významné lokality jsou od 1. ledna 2009 v rámci Kontrol podmíněnosti (Cross Compliance) řešeny standardem SMR 5 „Ochrana přírodních stanovišť, volně žijících živočichů a planě rostoucích rostlin“. Na dodržování požadavků dohlíží Česká inspekce životního prostředí (ČIŽP).
