Vytvoření soustavy Natura 2000 ukládají dva nejdůležitější právní předpisy EU na ochranu přírody: směrnice Evropského parlamentu a Rady 2009/147/ES, o ochraně volně žijících ptáků, a směrnice Rady 92/43/EHS, o ochraně přírodních stanovišť, volně žijících živočichů a planě rostoucích rostlin. Cílem této soustavy je zabezpečit ochranu těch druhů živočichů, rostlin a typů přírodních stanovišť, které jsou z evropského pohledu nejcennější, nejvíce ohrožené, vzácné či omezené svým výskytem jen na určitou oblast. Soustava Natura 2000 sestává ze dvou typů chráněných území – ptačích oblastí a evropsky významných lokalit. Ptačí oblasti, kterých je na území ČR prozatím 41, vyhlásila vláda ČR nařízeními vlády v letech 2004 – 05 a zatím poslední v roce 2007. Evropsky významné lokality byly shrnuty do tzv. národního seznamu, který je stanoven nařízením vlády č. 318/2013 Sb., o stanovení národního seznamu evropsky významných lokalit.
Národní seznam je fakticky rozdělen do dvou částí podle tzv. biogeografických oblastí, do nichž ČR zasahuje: panonské (pokrývající převážnou část Jihomoravského a část Zlínského kraje) a kontinentální (96 % území ČR).
