Koně jsou specifická hospodářská zvířata. Jejich využití je dnes především pro hobby a sport (díky kterému však ověřují stále svou užitkovost a plemenné standardy), ačkoliv nezanedbatelný počet především chladnokrevných koní pracuje v lesním hospodářství a také v zemědělství jako ekologicky čistá tažná síla. Někteří koně jsou také chováni pro masnou či mléčnou produkci, tento trend však není zatím v České republice příliš rozšířen. U mléčného využití koní (výroba sýrů a mléka) lze v blízké budoucnosti očekávat produkci vyvolanou mezerou na trhu, podobně jako v okolních státech, kde již takové ekofarmy existují.
Z důvodů zvýšených nároků koní na výživu a péči, a vzhledem k jejich specifickému hospodářskému využití, je nutné přisoupit odděleně k chovu koní za účelem masné či mléčné produkce, a koní chovaných za účelem jiným. Obecně se z důvodu přirozené odolnosti (a tedy menší pravděpodobnosti, že bude nutné krmit nepovolená krmiva a přípravky) doporučuje chovat na ekofarmách koně takzvaných rustikálních plemen, navyklé pobytům na pastvách i v dlouhodobě nepříznivém počasí.
Zejména u koní, kteří mají ve svém průkazu příznak „určen pro spotřebu“, a jsou certifikováni jako „bio“, nebo jsou používáni pro produkci mléka, je požadováno plnění Nařízení Rady č. 834/2007 a Nařízení Komise č. 889/2008, a zákona o ekologickém zemědělství (242/2000 Sb., ve znění pozdějších předpisů a novelizací) – tedy stejně jako u všech ostatních hospodářských zvířat v režimu ekologického zemědělství, zejména co se týče biokrmiva. U koní s mléčnou produkcí koně nesmí být za žádných okolností krmeni nebo chováni v rozporu s pravidly pro ekologický chov hospodářských zvířat.
