Metodický pokyn č. 1/2018
Seznam produktů povolených pro účely skladových zásob, čištění a desinfekci v rostlinné ekologické produkci.
Metodický pokyn č. 2/2016
Pravidla pro registraci subjektů do systému ekologického zemědělství, přechodné období, jeho zkracování a prodlužování.
Metodický pokyn č. 3/2016
Pravidla pro udělování některých výjimek z pravidel ekologické produkce.
Metodický pokyn č. 4/2016
Pravidla pro udělování výjimek z pravidel ekologického zemědělství v případě katastrofických událostí.
Metodický pokyn č. 5/2016
Pravidla pro udělování výjimek z pravidel ekologického zemědělství na použití konvenčního osiva a vegetativního rozmnožovacího materiálu.
Metodický pokyn č. 6/2016
Pojmy podle přímo použitelných předpisů Evropské unie.
Metodický pokyn č. 7/2016
Specifická pravidla pro odběr, analýzu a následné vyhodnocení vzorků z ekologického zemědělství.
Metodický pokyn č. 8/2016
Komunikace mezi kontrolními orgány, tvorba analýzy rizik, certifikační mechanizmy.
Metodický pokyn č. 9/2016
Specifická pravidla pro současnou produkci ekologicky chovaných hospodářských zvířat a hospodářských zvířat mimo ekologický chov.
Metodický pokyn č. 10/2016
Pravidla pro zakládání a údržbu ovocných sadů, vegetační pokryv sadů, meziřadí vinic, krajinné prvky v režimu ekologického zemědělství.
Metodický pokyn č. 11/2016
Pravidla pro chov koní v režimu ekologického zemědělství.
(