Počínaje 1. lednem 2010 došlo ke změně systému udělování výjimek z pravidel ekologického zemědělství. Tyto výjimky byly dosud z pověření Ministerstva zemědělství udělovány jednotlivými kontrolními subjekty.
K těmto změnám došlo v souladu s nařízením Rady (ES) č. 834/2007 oekologické produkci a označování ekologických produktů a o zrušení nařízení (EHS) č. 2092/91 a nařízením Komise (ES) č. 889/2008, kterým se stanoví prováděcí pravidla k nařízení Rady (ES) č. 834/2007 o ekologické produkci a označování ekologických produktů, pokud jde o ekologickou produkci, označování a kontrolu. Článek 27 odst. 7 písm. b) NR č. 834/2007 zakazuje, aby příslušný orgán (MZe) pověřil kontrolní subjekty (KEZ o.p.s., Biokont CZ, s.r.o., ABCERT AG, organizační složka) pravomocí udělovat výjimky.
Ministerstvo zemědělství uděluje výjimky z pravidel EZ na základě podané žádosti formou rozhodnutí v zákonné lhůtě 30 dní. Proti rozhodnutí se lze odvolat k rozkladové komisi ministra zemědělství ve lhůtě do 15 ode dne doručení rozhodnutí.
Od 1.1.2012 je účinná novela zákona o ekologickém zemědělství, která zpoplatňuje některé výjimky. Nově je tedy nutné přiložit kolek v hodnotě 1 000 Kč na tyto žádosti o výjimku:
- Vazné ustájení skotu
- Podmínky ustájení a intenzita chovu
- Vazné ustájení skotu v malých zemědělských podnicích
- Zásahy na zvířatech
- Nákup konvenční drůbeže
- Nákup samic skotu, ovcí, koz, prasat, koňovitých, buvola, bizona z konvenčního chovu
- Souběžná produkce
- Použití vitaminů pro přežvýkavce
- Povolení složek potravin zemědělského původu nezískaných z ekologického zemědělství členským státem
