Síť je rozdělena do regionálních a krajských subsítí, které sdružují odbory krajských agentur pro zemědělství a venkov (jako Sekretariát Sítě), jim organizačně podřízená oddělení agentur pro zemědělství a venkov a subjekty působící ve venkovském prostoru na úrovni okresů a krajů.
Regionální a krajské sítě zajišťují mezisektorové provázaní a integrovaný přístup k rozvoji venkova a zemědělství. Prostřednictvím odborů krajských agentur pro zemědělství a venkov a jim organizačně podřízených oddělení agentur pro zemědělství a venkov je zajišťován vzájemný přenos informací mezi MZe a aktéry na krajské a regionální úrovni.
