Ministerstvo zemědělství zodpovídá a koordinuje oblasti resortního výzkumu a vývoje, zemědělského poradenského systému a resortního vzdělávání. Ve všech těchto oblastech ministerstvo naplňuje legislativu EU a zároveň vychází vstříc požadavkům na moderní a dynamický přístup. Poradenství opřené o kvalitní informační systém je velmi důležitým prostředkem zemědělské politiky Ministerstva zemědělství. Správné fungování zemědělského poradenského systému je nezbytné pro zajištění konkurenceschopnosti a udržitelnosti českého zemědělství v podmínkách tržní ekonomiky. Zemědělský poradenský systém vychází z požadavků Společné zemědělské politiky vyjádřených platnými právními předpisy EU a ČR.
Ministerstvo zemědělství odpovídá za výzkum, vývoj a inovace v rámci agrárního sektoru ČR. Je poskytovatelem účelové a institucionální podpory. Koncepčně a metodicky řídí resortní organizace zabývající se výzkumem. Odpovídá za realizaci Národní politiky výzkumu a Národní inovační strategie v resortu, zpracovává Koncepci výzkumu a vývoje v působnosti ministerstva a zajišťuje její realizaci, zpracovává priority národních a mezinárodních programů s problematikou agrárního výzkumu a vývoje a inovací. Ministerstvo také koordinuje spolupráci v oblasti resortního výzkumu a vývoje a inovací v rámci ČR a zapojování resortní vědeckovýzkumné základny do Evropského výzkumného prostoru.
V oblasti vzdělávání řídí ministerstvo odborné vzdělávání pracovníků státní správy v oblasti resortních právních norem a legislativy EU, vzdělávání a osvětu odborné zemědělské i široké veřejnosti, odpovídá za realizaci Strategie celoživotního učení v resortní působnosti. Ministerstvo zároveň spolupracuje na tvorbě Národní soustavy povolání a Národní soustavy kvalifikací v oblasti zemědělství, potravinářství, lesního a vodního hospodářství. Zároveň uděluje autorizaci vzdělávacím subjektům, podílí se na inovacích odborných znalostí učitelů a na řadě dalších činností například v oblasti environmentálního vzdělávání.
