Těmi jsou Ústřední komise pro ochranu zvířat, Výbor pro ochranu zvířat používaných pro vědecké účely a orgány veterinární správy.
Ústřední komise pro ochranu zvířat radí MZe v případech týrání hospodářských zvířat, zvířat v zájmových chovech, pokusných zvířat i volně žijících zvířat, a vyjadřuje oficiální stanoviska k aktuálním problémům ochrany zvířat.
Výbor pro ochranu zvířat používaných pro vědecké účely poskytuje poradenství týkající se chovu, péče a používání pokusných zvířat k pokusům. Zaručuje použití osvědčených postupů a zamezuje opakování pokusů, které již byly provedeny v členských zemích EU.
Celkový přehled a zhodnocení situace ochrany zvířat v České republice můžete získat z bulletinu vydávaného Státní veterinární správou. Bulletin je vždy vydáván za předchozí rok.