Odbor legislativní
JUDr. Jinřich Urfus
Odbor Řídící orgán PRV
Ing. Josef Tabery
Odbor Řídicí orgán OP Rybářství
Ing. Pavel Pojer
Odbor environmentálních podpor PRV
Ing. David Kuna
Odbor přímých plateb
Ing. Kateřina Bělinová
Odbor vědy, výzkumu a vzdělávání
Mgr. Jan Radoš (pověřen řízením odboru)
Odbor státní správy ve vodním hospodářství a správy povodí
Ing. Daniel Pokorný
Odbor vodohospodářské politiky a protipovodňových opatření
Ing. Alena Binhacková
Odbor vodovodů a kanalizací
Ing. Jiří Duda
Odbor vody v krajině a odstraňování povodňových škod
Ing. Marian Čiernik