Odbor auditu a supervize
Ing. Zdeněk Jaroš
Odbor bezpečnostní politiky a krizového řízení
Ing. Petr Kutálek
Odbor kanceláře ministra
Ing. Jiří Felčárek
Odbor zemědělských registrů
Ing. Oleg Blaško
Odbor personální
Ing. Michael Forman
Odbor vnitřní správy
Mgr. Pavel Brokeš
Odbor informačních a komunikačních technologií
Mgr. Václav Koubek
Odbor ekonomiky a rozpočtu
Ing. Miluše Houdková Šímová
Odbor účetnictví a statistiky
Ing. Milan Schovánek
Odbor právní
JUDr. Radek Pokorný (pověřen řízením odboru)