Odbor auditu a supervize
Ing. Zdeněk Jaroš
Odbor bezpečnostní politiky a krizového řízení
Ing. Petr Kutálek
Odbor kanceláře ministra
Ing. Jiří Felčárek
Odbor zemědělských registrů
Ing. Oleg Blaško
Odbor personální
Ing. Michael Forman
Odbor vnitřní správy
Mgr. Pavel Brokeš
Odbor informačních a komunikačních technologií
Mgr. Václav Koubek
Odbor ekonomiky a rozpočtu
Ing. Miluše Houdková Šímová
Odbor účetnictví a statistiky
Ing. Milan Schovánek
Odbor právní
JUDr. Radek Pokorný (pověřen řízením odboru)
Odbor legislativní
JUDr. Jinřich Urfus
Odbor Řídící orgán PRV
Ing. Josef Tabery
Odbor Řídicí orgán OP Rybářství
Ing. Pavel Pojer
Odbor environmentálních podpor PRV
Ing. David Kuna
Odbor přímých plateb
Ing. Kateřina Bělinová
Odbor vědy, výzkumu a vzdělávání
Ing. Pavlína Adam, Ph.D.
Odbor státní správy ve vodním hospodářství a správy povodí
Ing. Daniel Pokorný
Odbor vodohospodářské politiky a protipovodňových opatření
Ing. Alena Binhacková
Odbor vodovodů a kanalizací
Ing. Jiří Duda
Odbor vody v krajině a odstraňování povodňových škod
Ing. Marian Čiernik
