Ministerstvo zemědělství je podle zákona č. 2/1969 Sb., o zřízení ministerstev a jiných ústředních orgánů státní správy ČR, ústředním orgánem státní správy pro zemědělství, vodní hospodářství, potravinářský průmysl a pro správu lesů, myslivosti a rybářství, mimo území národních parků. V každé oblasti jsou určité výjimky, které do kompetence ministerstva zemědělství nepatří jako například: ochrana zemědělského půdního fondu, ochrany přirozené akumulace vod, ochrana vodních zdrojů a ochrana jakosti vod.
Ministerstvo zemědělství je také ústředním orgánem státní správy ve věcech komoditních burz, které organizují obchody se zbožím pocházejícím ze zemědělské a lesnické výroby, včetně výrobků vzniklých jeho zpracováním. Dále je ústředním orgánem státní správy ve věcech veterinární péče, rostlinolékařské péče, péče o potraviny, péče o ochranu zvířat proti týrání a pro ochranu práv k novým odrůdám rostlin a plemenům zvířat.
Ministerstvo zemědělství řídí Státní zemědělskou a potravinářskou inspekci, Státní veterinární správu České republiky, Státní rostlinolékařskou správu, Ústřední kontrolní a zkušební ústav zemědělský a Českou plemenářskou inspekci.
Za účelem komunikace se zemědělskou veřejností a poskytování služeb zemědělcům disponuje ministerstvo zemědělství třinácti odbory krajských agentur pro zemědělství a venkov (KAZV), jimž je podřízeno 63 oddělení agentur pro zemědělství a venkov (AZV).
Ministerstvo zemědělství ve spolupráci se Státním zemědělským intervenčním fondem provádí opatření společných organizací trhů Evropské unie, přímé platby, národní doplňkové platby k přímým podporám, programy strukturální podpory a programy rozvoje venkova.
Ministerstvo zemědělství úzce spolupracuje s resortními výzkumnými ústavy, nevládními agrárními organizacemi, jednotlivými profesními i zájmovými svazy, spolky a společnostmi.
Úkolem ministerstva není řídit či plánovat zemědělskou, lesnickou nebo potravinářskou výrobu, ale vymezit příslušnými právními předpisy mantinely, v nichž se mohou naši podnikatelé pohybovat. Ministerstvo zemědělství přitom vychází z vládní zemědělské politiky, z programového prohlášení vlády a ze Společné zemědělské politiky Evropské unie. Jeho cílem je podpora "Evropského modelu zemědělství" s důrazem na rozvoj multifunkčního zemědělství, zaměřeného jednak na zemědělskou produkci, ale i na zajišťování služeb údržby a tvorby krajiny, na další environmentální služby a na nezemědělské činnosti. Stále většího významu nabývá hlubší propojení zemědělství s obnovou a rozvojem venkova.
