Mezi základní dotační nástroje v ČR patří:
Přímé platby zahrnují jednotnou platbu na plochu, oddělenou platbu za cukr a rajčata a národní doplňkové platby (Top Up) sloužící k dorovnání jednotné platby na plochu na úroveň starých členských států EU. Žádosti o tyto podpory jsou podávány formou tzv. jednotné žádosti každoročně do 15.5.
Program rozvoje venkova ČR na období 2007 až 2013
Program rozvoje venkova je evropským zdrojem finančních prostředků kofinancovaných částečně ČR. Podpory jsou svým charakterem buď investiční (zejména osa I, III a IV) nebo plošné (osa II s výjimkou řešení lesních kalamit a podpory funkcí lesa). Plošné podpory jsou podávány formou tzv. jednotné žádosti každoročně do 15.5. V rámci investičních podpor jsou vyhlašovány výzvy na příjem projektů.
Operační program Rybářství na období 2007 až 2013
Operační program Rybářství je evropským zdrojem finančních prostředků kofinancovaných částečně ČR. Podpory jsou svým charakterem investiční. Na příjem projektů jsou vyhlašovány výzvy.
Dotace v rámci Společné organizace trhu
Z hlediska podpor poskytovaných v rámci společných organizací trhu jsou zde prezentovány pouze podpory organizovanosti producentské základny v rámci komodity ovoce a zelenina a dále podpory směřované do komodity víno. Jedná se o podpory evropské s částečným kofinancováním ze státního rozpočtu ČR.
Po vstupu do EU lze národní dotace hrazené čistě ze státního rozpočtu ČR administrované Ministerstvem zemědělství ČR rozdělit do třech základních směrů - podpory různého charakteru vyhlašované formou Zásad, které každoročně schvaluje ministr zemědělství, podpory směřující do lesního hospodářství a podpory směřující do vodního hospodářství.
Podpůrný garanční a lesnický fond
Hlavni činností tohoto fondu je poskytovaní podpor ve formě dotaci úroků a garancí časti jejich jistiny úvěrů na ekonomicky návratné podnikatelské záměry, a to v rámci programu Zemědělec a programu Půda. Zdrojem finančních prostředků je státní rozpočet ČR. Podpora se poskytuje pouze na investice, které nejsou považovány za přijatelné výdaje v rámci Programu rozvoje venkova.
S evropskými dotačními nástroji jsou úzce svázány kontroly podmíněnosti Cross compliance. Proto je v rámci přehledu dotačních zdrojů v ČR jedna záložka věnována právě tomuto tématu.
Celou strukturu doplňuje záložka dobíhající a ukončené dotace věnovaná historickým, popřípadě v nejbližší době ukončeným podporám.
